以2006年的官方资料，加拿大军队的六大行动组织为：海事指挥部(MARCOM)执行海军职责; 地面指挥部(LFC)执行陆军职责; 航空指挥部(AIRCOM)执行空军职责;而2006年一月三十一日成立的Canada Command(CANCOM),专责军队在加国境内的行动；其余两个组织在2006年二月一日成立的en:Canadian Expeditionary Force Command(CEFCOM)专责派遣海外的加拿大军队行动；及Canadian Special Operations Forces Command(CANSOFCOM)专责加拿大军队内特种部队行动。
从1968年合并后而被解散的旧组织包括：空防、航空运输、物资、训练，等。
加拿大军队受国家防卫法管理，法例指定：
The Canadian Forces are the armed forces of Her Majesty raised by Canada and consist of one Service called the Canadian Armed Forces. (National Defence Act, R.S., 1985, c.N-4, s-14) 根据加拿大宪法，加拿大军队的三军总司令归属于以加拿大女皇身份的伊丽莎白二世。 然而，从1904年起，加拿大君主受权皇室总督代行及使用三军总司令的衔头及职责。 现任皇室总督兼三军总司令是庄美楷。. 根据西敏制的民主政府体制，加拿大总理拥有事实上/de facto军队调度和部署的决策权。 加拿大军队的最高职业头目是国防总参谋(Chief of Defence Staff)，当总理的最高军事顾问。 加拿大国防部长是专责国防事务的内阁部长，并向总理问责。
